Постоянно действующим руководящим органом Федерации является Исполнительный комитет (Исполком).
Исполком избирается общим собранием членов Федерации сроком на четыре года из числа членов Федерации. Количество членов Исполкома и срок их избрания меняется по решению Общего собрания членов Федерации.
Руководство Исполкома осуществляет Президент Федерации, который назначается на должность и освобождается от занимаемой должности общим собранием членов Федерации.
В состав членов Исполкома входят представители всех городов и районов Приднестровской Молдавской Республики.