Единоличным исполнительным органом Федерации, осуществляющим общее руководство деятельностью Федерации, является Президент Федерации, который избирается сроком на четыре года и подотчётен Общему собранию членов Федерации. Президент Федерации так же является и Председателем Исполкома.
Прокудин Павел Николаевич — Президент Федерации, Назначен на эту должность 07 июня 2017 гада общим собранием членов Федерации по предложению и инициативе футбольной общественности Приднестровья.