Федерация футбола Приднестровья впервые была зарегистрирована Тираспольским горисполкомом 16 мая 1991 г. Первым председателем федерации был Войченко Валентин Сергеевич.

В ноябре 2006 года Председателем Федерации был назначен Блашку Анатолий Иванович.

В январе 2012 года Председателем Федерации был назначен Барсков Борис Александрович.

В октябре 2015 года была реорганизована федерация футбола Приднестровья. 21 октября в актовом зале ПГУ состоялась выборная конференция по федерации футбола страны. Единогласным решением президентом футбольной федерации был избран Дмитрий Маргаринт.

Первый турнир, проведённый федерацией — Зимний Кубок республики, посвященный памяти ветерана тираспольского футбола Александра Токарева. Под эгидой этой организации проводятся чемпионат и Кубок республики, первенство Приднестровья среди детских и юношеских команд, а также другие любительские соревнования.

Чемпионат Приднестровья по футболу среди любительских команд проводится с 1991 года. Первым чемпионом страны стал клуб «Пластик» из Тирасполя в сезоне 1992.

АККРЕДИТАЦИЯ ФЕДЕРАЦИИ ФУТБОЛА ПРИДНЕСТРОВЬЯ

В Государственной службе по спорту прошла торжественная церемония выдачи первого свидетельства о государственной аккредитации в качестве республиканской спортивной федерации. Согласно Приказу Госслужбы по спорту ПМР от 27 марта 2018 г. № 52, Федерации футбола Приднестровья выдано свидетельство за первым номером о государственной аккредитации, в соответствии с этим данная организация официально обрела статус республиканской спортивной федерации.

Вручая документ президенту Федерации футбола Приднестровья Павлу Прокудину, замначальника Госслужбы по спорту Нелли Телятинская отметила, что эта организация первой прошла процедуру предусмотренную законом «О физической культуре и спорту в ПМР», пожелав успехов в работе и высоких спортивных результатов.

В ответном слове Павел Прокудин поблагодарил Госслужбу за плодотворное сотрудничество и выразил уверенность в том, что совместная работа двух организаций уже в ближайшее время позволит возродить систему проведения массовых соревнований по футболу во всех городах и районах, а также на республиканском уровне.